Kavun meyve olarak çok yenildiği gibi tohumları (çekirdekleri) de tıbbî olarak kullanılmaktadır. Olgun kavunların çekirdekleri kurutulur. Çekirdekler halk tababetinde öksürüğe karşı (çekirdekleri suda, suyu yarıya ininceye kadar kaynatılıp içilmesiyle) kullanılır. Ayrıca kavun, sinirleri yatıştırır, böbreklerdeki kanı temizler, taşların düşürülmesine yardımcı olur. Bağırsaklarda ülser ya da iltihap olanlarla, şeker hastaları ve yüksek tansiyonu olanlar yememelidir.